Мораес вскоре после получения гражданства Украины дебютировал за национальную сборную в матчах отбора на Евро-2020 против Португалии (0:0) и Люксембурга (2:1).
Позже футбольные федерации Португалии и Люксембурга обратились в УЕФА, обвинив Украину в нарушении устава ФИФА, согласно которому футболист перед натурализацией должен непрерывно прожить в стране 5 лет, а Мораес в 2017-м году отлучился в аренду в Китай.
Федерация футбола Украины выступила с официальным заявлением, заверив болельщиков в легитимности привлечения Мораеса к сборной. При этом генеральный секретарь ФФУ Юрий Записоцкий заявил, что в ФФУ по вопросу натурализации форварда «Шахтера» консультировались с УЕФА и ФИФА.
Теперь же португальское издание «Record» утверждает, что Федерация футбола Украины перед натурализацией Мораеса не обращалась в УЕФА. Также источник отмечает, что Европейский футбольный союз не подтверждал участие форварда в матчах отбора чемпионата Европы-2020.
В УЕФА уже открыли дело по Жуниору Мораесу. Остальная информация на данный момент неизвестна.